Nasceu em Salvador. Aos 13 anos de idade, matriculou-se como interno na Faculdade de Medicina da Bahia, adquirindo o grau de doutor em 1891, com a tese Sífilis maligna precoce. Em 1896, ingressou na mesma faculdade como professor substituto da Seção de Doenças Nervosas, após defender a dissertação Disquinesias arsenicais. Nesse período, dedicou-se à dermatologia e à neuropsiquiatria, colaborou nos periódicos Gazeta Médica da Bahia, Revista Médico-Legal e ajudou na fundação da Sociedade de Medicina Legal da Bahia. Em 1899, como catedrático da Faculdade de Medicina da Bahia, realizou conferência em que divulgava as idéias de Freud, sendo considerado por vários estudiosos como o precursor da psicanálise no Brasil, ao mesmo tempo que adepto e difusor da psiquiatria alemã.
A rotina desregrada pela dedicação intensiva aos estudos fez com que contraísse tuberculose, o que o levou a buscar tratamento na Europa. Até 1902, freqüentou diversos cursos de doenças mentais, fez estágio de anatomia patológica e conheceu as principais clínicas psiquiátricas e manicômios da Alemanha, Inglaterra, Escócia, Bélgica, França, Itália, Áustria e Suíça. Voltando ao Brasil, instalou-se no Rio de Janeiro e, por influência de Afrânio Peixoto e J.J. Seabra, foi nomeado diretor do Hospital Nacional de Alienados, em 1903. No período em que esteve na direção desse hospital (1903-1930), Juliano Moreira defendeu a reformulação da assistência psiquiátrica pública, tanto no âmbito legislativo quanto assistencial. Incentivou a promulgação da primeira lei federal de assistência aos alienados (1903), ao mesmo tempo em que sugeriu novos formatos institucionais e de tratamento para a doença mental, a exemplo do que conhecera na Europa, como os hospitais-colônias e a assistência hetero-familiar. Em 1911, foi nomeado diretor da Assistência a Psicopatas, decorrendo de sua gestão a criação do Manicômio Judiciário e a aquisição do terreno para construção da futura Colônia Juliano Moreira.
Como divulgador de uma psiquiatria científica brasileira, fundou, em 1905, os Archivos Brasileiros de Medicina, juntamente com Antônio Austregésilo e E. Lopes e, no mesmo ano, com Afrânio Peixoto, criou a Sociedade Brasileira de Psychiatria, Neurologia e Sciencias Affins. Participou, entre 1908 e 1910, juntamente com Carlos Eiras, Henrique Roxo e Afrânio Peixoto, de comissão da Sociedade Brasileira de Psiquiatria, Neurologia e Medicina Legal encarregada de estabelecer uma classificação psiquiátrica. O trabalho dessa comissão foi oficializado no relato que Juliano Moreira fez atendendo às solicitações da Repartição Geral de Estatística em 1910, no qual se evidenciavam as influências da classificação psiquiátrica de Kraepelin. Foi também presidente de honra, entre outros, da Liga Brasileira de Higiene Mental quando de sua fundação em 1923. Em 1928 é criada a seção Rio da Sociedade Brasileira de Psicanálise, com Juliano Moreira como presidente e Júlio Porto-Carrero como secretário geral.
No contexto internacional, participou de diversos congressos médicos, como o de Lisboa (1906), Amsterdã e Milão (1907), Londres e Bruxelas (1913), e foi membro de várias sociedades científicas européias. Em 1928 foi conferencista convidado das Universidades japonesas de Tokyo, Kyoto, Sendai e Osaka, sendo condecorado com a Ordem do Tesouro Sagrado pelo Imperador Hirohito (1901-1992).
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